初能变是指第八识，本论以八段十门对其进行阐述，分别是三相门、所缘行相门、心所相应门、五受相应门、三性门、心所例同门、因果譬喻门、伏断位次门。
三相门为阿赖耶识的自相、果相、因相，《唯识三十论》曰：
初阿赖耶识，异熟、一切种。
一、赖耶的自相
阿赖耶识为梵语，汉译藏义，具有能藏、所藏、执藏义故。
能藏，是指阿赖耶识具有含藏的功能，可以像仓库一样储藏物品。在阿赖耶识中，储存着有情无始以来的生命经验，堪称生命的大宝库。正因为阿赖耶识具有这一特点，我们在生命延续过程中付出的所有努力，才会功不唐捐。
所藏，指储藏的物品。若将能藏喻为超大容量的仓库，那么所藏便是其中的所有藏品。阿赖耶识储藏的，正是无始以来生命活动熏习的种子。
说到执藏，必然要联系到第七识。在无尽轮回中，第八阿赖耶识始终被第七末那识执以为我。因为第八识的见分是相似相续的，具有相对的恒常性。正因为如此，第七识在认识第八识的过程中，便将它执以为固定不变的对象而恒生我执。同时，第七识又与我痴、我见、我爱、我慢等种种烦恼相应，形成有情生命中潜在的强烈自我。此外，第七末那识对第八识的爱执一刻都不曾间断，即使在梦中也不能摆脱。由于它始终将第八识执以为我，故第八识又名我爱执藏。无始以来，众生处处以自我为中心，处处著相，根源就在于末那识；又因执我而产生种种烦恼，造业并流转生死，根源也在于末那识；各种宗教所建立的灵魂和神我，根源仍在于末那识。
阿赖耶识具有能藏、所藏、执藏三义，重点为执藏义，体现了阿赖耶识在生死流转过程中不可替代的作用。所以，我爱执藏被定义为阿赖耶识的自体相。但我爱执藏并非阿赖耶识自身的过失，而是末那识强加于它的，所以真正的幕后操纵者是末那识。末那为染污义，它固执而一厢情愿地爱着阿赖耶识，一直要到八地菩萨，才能从它的纠缠中解脱出来。
第八识的名字很多，如阿陀那识、异熟识、根本识、心，等等，阿赖耶识只是其中之一。每个名字的安立皆有侧重，是根据第八识的某一特征而定义。就像每个人都有不同的称谓，在家庭中，对于妻子是丈夫，对于孩子是父亲，对于父母是儿子；在社会上，对于学生是老师，对于领导是下属。在不同的场合，面对不同的人，我们会扮演各种角色并发挥相应作用。阿赖耶识的命名，也是基于同样的道理。
第八识共三位，代表了我们从凡夫到圣贤所经历的过程。
一、我爱执藏现行位：第八识无始以来被第七识执以为我。从大乘来说，这一过程将持续到八地菩萨之前；从小乘来说，则持续到无学位圣者之前。直到那时，末那识才会终止其纠缠，所以阿赖耶识之名一直要用到八地菩萨。若将第七识和第八识比作一对形影不离的夫妇，那么只有在妻子去世后，丈夫才不能名之为丈夫。同样，到八地菩萨或无学位圣者时，阿赖耶识的名称亦会发生改变。因为此时末那识已转染成净，转识成智，彻底放弃我执了。
二、善恶业果位：作为善恶业力招感的果报体，第八识为真异熟，这一角色将扮演到十地最终的金刚心。正如《八识规矩颂》所说：“金刚道后异熟空。”当修行进入金刚道的境界，已趋向最终解脱，第八识也将在成佛之前被最后清空。而金刚道以前，第八识的体仍是有漏的。从初地见道的刹那开始，首次开发出生命的无漏种子。但无漏种子现行后，有漏种子仍会发生作用。在最初阶段，有漏种子发生作用的时间比无漏种子更长、更持久；到五地、六地，有漏和无漏的作用才变得势均力敌；到七地、八地，有漏的作用变得非常微弱，基本是无漏种子现行，但识体还是有漏的。直至金刚道后，异熟识的有漏识体才彻底放弃，成就纯粹的无漏识，即无垢识，从此第八识也失去异熟识的名称。
三、相续执持位：又名阿陀那识。阿陀那为梵语，为执持义，即执持有情的生命体。成佛后，是否还有执持有情生命体的识呢？依然是有的。在凡夫阶段，执持生命体的是有漏的第八识；而成佛之后，执持生命体的则是清净的无垢识。只要我们还是有情，总是有识在执持着生命体，永无终结之时，所以相续执持位一直要到尽未来际。
二、赖耶的果相
佛法提出因果和轮回之说，但同时又强调无我。既然无我，由谁在造业及感果？当一期生命结束之时，又是谁去受报？在我们的生命领域中，谁有能力承担这个责任？前五识、第六识和第七识显然都缺乏这样的能力。
唯物论者之所以对潜意识缺乏认识，是因为前六识生起活动时，和物质现象的关系非常密切，甚至在很多情况下难以自持。由于凡夫这种心随境转的特点，便使唯物论者得出“物质决定意识”的结论，认为意识是由物质派生的。事实上，生命中还有潜在的精神力量和深层的心理活动，恰恰是它们，在决定意识的活动。
生命包含两个系统：一为物质系统，即“身体发肤受之父母”；一为精神系统，即第八阿赖耶识，而它沿袭并继承的，是自身生命延续过程中形成的所有种子。我们每个人与生俱来的天赋，既不是父母的给予，也不是造物主的恩赐，而是来自过去生命的积累，这一点是唯物论者和其他宗教没有看到的。
从轮回角度来说，必须有生命主体承担这一重任。外道讲轮回，是以神我或灵魂为依托，而佛法强调无我，那么轮回的主体是什么？唯识学在对生命现象进行考察之后，发现作为生命的果报体必须具备三个特点。
首先是业果，业果的特征是无记，即非善非恶。如果有情天性是善，恶行的产生就失去了依据，也无法招感苦果；如果有情天性是恶，善行的产生就失去了依据，也无法招感乐受。所以，果报体是无记的。其次是没有间断，倘若执持生命的果报体出现间断，有情生命将随之结束而成为无情，轮回就无法相续。第三是遍三界，在三界的任何时空都能产生活动。
相比之下，前五识时有间断，且二禅以上便无五识，第六识亦有不起现行之时，第七识非异熟业所感。可见，前七识都无法承担此任。惟有第八识同时具备三大特征，方能作为生命的真异熟识。
三、赖耶的因相
如果说异熟是第八识的果相，那么它的因相就是一切种，这正是《唯识三十论》讨论的重点所在。《成唯识论》中同样以大量篇幅讨论种子问题。
神教以神创为万物之因，唯物论以物质为万物之因，唯心论则以常恒不变的心为万物之因。佛法既不同于神造，也不同于唯物论和唯心论，它又是如何解释这个问题的呢？那就是建立种子说。阿赖耶识作为万法生起之因，能熏习并执持种子，由种子的现行展开宇宙人生的一切现象。关于种子，我们将从以下几方面进行说明。
什么是种子
《成唯识论》卷二对此的定义是：“谓本识中，亲生自果功能差别。”也就是说，阿赖耶识具有生起一切色心诸法的亲因缘，即种子。
种子说早在部派佛教的经部就已出现。自然界中，种子有麦种、稻种、树种等等，以不同种子为因，可生长相应的果实。唯识所说的种子也有类似作用。作为万法生起的亲因缘，种子又具有怎样的特点呢？
种子具六义
一、刹那灭：作为种子，必须是生灭变化的。正因为具有变化的特征，才能进一步招感果报。若种子是不生不灭、固定不变的，必然无法感果，这主要是简别唯物论、唯心论和神造论的观点。在唯识宗看来，永恒的神不能作为万物之因，而真如也不能作为万物之因，因为真如是恒常的。
二、果俱有：种子和所生果实在同一时间、同一处所。换言之，种子与所生果实于一相续中同时存在，方为种子。这是简别因果前后相生，及于自他相续中建立的因果相离之理。
三、恒随转：种子依附于第八识中，要一类相续到究竟位，都没有间断和转易。这是简别前七转识，或有间断或有转易。
四、性决定：种子包括善、恶、无记三类，其性质从种下之时即已决定，无论展开怎样的现行都不会改变。善的种子在活动过程中，始终代表善的力量。行善，是善的种子在现行，而行善本身又使善的种子得到壮大，这种力量不会因作恶而改变。因为作恶只是恶的种子现行，是恶的力量在壮大。但是，两者虽不能相互转化，却能彼此制约。生命中有各种力量，若善的力量较强，恶的种子虽也存在，却难以产生决定性的作用，反之亦然。所以说，在生命延续过程中，种子的性质是始终如一的，有的只是力量的强与弱。
五、待众缘：佛法是缘起论，以诸法皆“因缘而生，因缘而灭”为基本思想。种子的活动自然也不能离开因缘，唯在因缘具足的前提下，种子才能现行并展开宇宙人生的一切现象。同时，也因八识三性诸法活动的不同因缘，才有阿赖耶识中各类种子的差别。
六、引自果：种子的现行能引生自果。如色心等一一果法皆从自己的种子生起。这不同于外道执著一个原因生一切结果。
唯识学认为，不具备以上六个特征的，便不能作为现行果法的亲因缘。
种子从何而来
种子又名习气，顾名思义，是由熏习留下的气息。关于种子的来源，唯识论师们有着不同的观点，较突出的有三种：
一、本有说：持此观点的代表为护月论师，主张一切种子是阿赖耶识本自具足的，无论有漏种子或无漏种子皆是如此。后天熏习不过使原有种子得到增长，如接触善缘使善的种子得到壮大，接触恶缘使恶的种子得到壮大。论师引《无尽意经》为依据：“一切有情，无始以来，有种种界，如恶叉聚，法尔而有。”
二、新熏说：持此观点的代表为难陀论师，主张一切种子皆由熏习而成。说到新熏，我们很容易理解为有个开始，于是问题就出现了：未熏习之前，自然没有种子，也应该没有诸识的存在，又是谁去熏习它呢？因而，论师提出能熏和所熏都是无始的，并引《多界经》说明其论点：“诸有情心，染净诸法所熏习故，无量种子之所积集。”我们的心不断受到杂染和清净诸法的熏习，这种熏习的结果，在生命中种下了杂染和清净的种子。
三、本有新熏说：这是折衷的说法，持此观点的代表为护法论师，主张种子包括本有和新熏两类。在我们的阿赖耶识中，既存在本有的种子，还存在新熏的种子，但无论本有或新熏都是无始的。因为在众多经论中，既讲到本有的种子，也讲到新熏的种子。
护法论师认为，若一味强调本有，会有两种过失：一是违背经文，一是违背前七识和第八识互为因果的关系。前面说过，第八识和前七识是互相熏习的。一方面，第八识为前七识生起之因；另一方面，前七识现行后又会熏成种子储藏于第八识中，再由第八识的种子现行生起前七识，如此生生不已。这也就是唯识宗反复强调的“种子生现行”和“现行熏种子”。
同样，若一味强调新熏，也有两种过失：一是违背经文，一是无法解释无漏识的存在。因为我们现有的识为有漏识，而有漏妄识不可能生起无漏种子，那么无漏种子又从何而来？所以必须承认无漏种子是本具的，才能在外缘推动下产生现行。否则，有漏为无漏之因，有违缘起法的规律。
种子的熏习义
不论种子的来源如何，都要经受进一步的熏习。正因为如此，种子的力量才会发展壮大，生命也因之丰富多彩。
熏习主要包含能熏和所熏。能熏是能够熏习的，为前七识；所熏是接受熏习的，为第八识。前七识在活动过程中，不断熏习种子到第八识中。从这个角度来说，作为能熏的前七识是主动的，而作为所熏的第八识是被动的。为什么惟有第八识才能作为所熏呢？唯识学认为，作为所熏必须具备四个特征。
一、坚住性：所谓坚住，即稳定和相续不断的特征，如若不然，就没有作为受熏的资格。如果受熏一方发生间断，那么在某些情况下将不起作用。就像我们用电脑工作，若没有硬盘随时保存文件，一旦断电就会将工作成果化为乌有。正因为硬盘具有储藏功能，能将我们的所有工作进行保存，所以无论断电还是关机，工作成果始终不会丢失。而在八识中，惟有阿赖耶识具有相续不断的特点，前六识都是有间断的。
二、无记性：所谓无记，即自身没有强烈的善恶倾向。如果倾向善，就不能接受不善法的熏习；如果倾向不善，就不能接受善法的熏习。就像涂满各种强烈色彩的纸，很难再于其上添加什么。必须本身是一张白纸，才能接受并显现一切色彩。这也正是无记的特征，既不会拒绝善法，也不会拒绝不善法。
三、可熏性：所谓可熏，又须具备两种特征。首先是独立自主，其次是性非坚密。从这个意义上说，真如就不能受熏，这正是唯识学者反对《楞严》《起信》的原因所在。唯识学认为，《大乘起信论》所说的真如熏无明，无明熏真如不符合缘起思想。因为真如体性坚密，常恒不变，不能接受诸法熏习。作为所熏的一方，既要有相对独立的自主性，又要具有包容性和可塑性。
四、与能熏共和合性：所谓共和合，也具备两层含义，即能熏和所熏的构成必须是同一时间、同一处所。否则的话，便不能达到熏习效果。如以香熏物，能熏和所熏必须同时置于一处。所以说，我的前七识只能熏习我的第八识，不可能是熏到你们的第八识。
正因为阿赖耶识具足以上四个特点，所以才能作为所熏的一方。
而作为能熏的前七识，同样具备了四个特点。
一、有生灭：若是常住不变的，就不能作为能熏。正因为有生灭，具有转变的作用，才能熏习种子，这是简别常住和不生不灭的无为法。
二、有胜用：即强大的力量，主要包括两方面：一为能缘的胜用，一为强盛的胜用。能熏必须是能缘的心、心所，而心和心所还须具有强盛功用，方可起到能熏的作用。这是简别色法、异熟无记心等，或非能缘，或虽是能缘而没有胜用，都不能作为能熏。
三、有增减：必须能在量上发生增减，才可作为能熏。这是简别于佛果位上不增不减的善法。
四、与所熏处和合：这一点与所熏的性质相同。必须在同一时间、同一处所，能熏才可以对所熏产生熏习作用。
见分熏、相分熏
在前七识的活动过程中，前五识的活动会熏习自身见分和相分的种子，同时还能帮助第八识熏习相分的种子；第六识的活动会熏习自身见分和相分的种子，同时还能为第八识、第七识留下种子；而第七识的活动，除了为自身留下见分和相分的种子，同时还能为第八识熏下见分的种子。
阿赖耶缘起
诸识在活动过程中会呈现见分和相分。而见分和相分在产生活动后，当即会熏习种子，成为未来八识产生活动的亲因缘。在唯识宗所讲的阿赖耶缘起中，“种子生现行”是指种子展开的八识三性诸法，“现行熏种子”是指心、心所在活动的同时又熏成种子。在唯识宗的因缘义中，不仅种子是现行的因缘，现行也是种子的因缘。
“种子生现行”和“现行熏种子”在理论上固然有先后次第，但在时间上却是同时进行的。种子现行之时，当即就熏下种子。然后，由种子再生现行。但从这一种子所生的现行，到下一种子所生的现行，则不在同一时间。若每一种子的现行都没有间断，就会同时引发无穷无尽的“种子生现行”，从而犯无穷过。从种子到生现行，有待外缘的成就。比如我现在给你们上课，在讲的时候是“种子生现行”，在讲的当下是“现行熏种子”。但能否没完没了地讲下去呢？显然不能。到下课时，作为学生的你们走了，作为老师的我也需要休息，没有这些相关条件，种子也就不再现行，必须待下一个缘成熟时才能继续产生作用。所以说，种子生现行要待众缘，也就是说离不开八识三性诸法。
阿赖耶缘起是以种子为因缘，现行后展开宇宙人生的现象。同时再熏下种子，使阿赖耶识中的种子得到壮大和充实。如此循环往复，使世间万象无穷无尽地展开。
第八识有自相、果相和因相，这三相在唯识理论上非常重要。前六识和第七识都未讲到果相和因相，因而不能作为生命的果报体，不能作为万法生起之因。所以说，阿赖耶识的三相突显了唯识理论的特色所在，也为宇宙人生的展开建立了依据。